Muslera

En 2003 integró la Selección Sub-17, bajo la dirección técnica de Jorge Da Silva, y jugó en el Campeonato Sudamericano Sub-17 de Bolivia. Allí la Celeste integró el grupo A (con Brasil, Chile, Venezuela y Ecuador) y con 3 triunfos y una derrota clasificó, detrás de Brasil, al cuadrangular final del torneo (que completaron Argentina y Colombia). Argentina resultó campeón del torneo y Uruguay obtuvo la 4ª posición, quedando, entonces, eliminado del mundial que se jugó ese mismo año en Finlandia. En este torneo, Muslera jugó solamente en el partido contra Brasil en la primera fase. En los restantes 6 partidos fue suplente de Sebastián Sosa.

En 2005, integró la Selección Sub-20, bajo la dirección técnica de Gustavo Ferrín y jugó el Campeonato Sudamericano Sub-20 de Colombia. Allí La Celeste integró el grupo B (con con Brasil, Chile, Paraguay y Ecuador) y con 1 triunfo y 3 empates clasificó en tercer lugar al hexagonal final del torneo (que completaron Colombia, Brasil, Argentina, Chile y Venezuela). Colombia resultó campeón del torneo y Uruguay obtuvo la 5ª posición, quedando eliminado del mundial que se jugó ese mismo año en Holanda. Muslera fue titular en los 9 partidos.

Selección mayor

Equipo nacional de fútbol uruguayo de izquiersa a derecha: Álvaro Fernández (atrás), Walter Gargano, Diego Forlán y el portero Fernando Muslera en la ceremonia de bienvenida como capitán de equipo Diego Lugano en Montevideo el 13 de julio del 2010

Fernando Muslera empezó a ser citado por Oscar Washington Tabárez, director técnico de la Celeste, para los últimos partidos de la eliminatoria para el Mundial de Sudáfrica 2010, debido a que no resultaban totalmente satisfactorias las actuaciones de sus predecesores: Fabián Carini, Sebastián Viera y Juan Castillo. Su debut fue en el penúltimo partido, en Quito, contra Ecuador.
En el minuto 7 del partido ante Corea del Sur, por octavos de final de la Copa Mundial Sudáfrica 2010, venció el récord de imbatibilidad en el arco Celeste durante una copa del mundo, que ostentaba Ladislao Mazurkiewicz.
En cuartos de final, paró dos penalties en la serie de desempate contra Ghana, dándole el pase a su equipo a las semifinales.
El día 16/07/11 demostró tener una gran capacidad técnica y de reflejos, por lo cual se convirtió en figura clave del triunfo de su Selección sobre el equipo local en Cuartos de Final de la Copa América Argentina 2011.